初学者可以从不同的渠道获得共聚焦成像的知识,LSCM附带的操作手册包括一些基本的仪器使用方法。但负责操作仪器的人一般应进行短期的定向培训,对于多用户使用的电子生物显微镜仪器,在独立操作前,管理人员应对其进行短期培训并确保能胜任相应的图像采集工作。初学者尤其要注意相应的操作规程。其他有用的信息来源包括共聚焦显微镜公司的培训课程,光学显微镜的专题研讨会及出版物等。
进行图像采集前,先要熟悉电子生物显微镜仪器的基本操作。对于初学者,建议使用容易标记的标本进行图像采集,而不使用难以标记或结果不确定的标本。一些好的测试样品如吸收了一种或多种荧光染料的纸或制备好的荧光珠,它们都是较为明亮的,容易进行共聚焦成像的标本。一种尤其有用的标本是不同花粉混合的玻片,在多种不同波长的光线激发时,可产生自发荧光。这种玻片可以买到,如Carolina Biological,也可通过采集不同植物的花粉自行制备。往往这些标本都有某些特定的表面结构,并且在激光束的照射下保持良好。对于活体研究相当可靠的测试标本是洋葱表皮或某些水生植物,可自发荧光或用DiOC6染色。
电子生物显微镜仪器在使用前都应进行校正,不同的仪器,其校正方法不同,一般应由负责仪器的管理人员进行,其他人员未经许可,不得尝试进行校正,最好由仪器公司的技术人员完成。
对电子生物显微镜仪器不仅要进行定期的维护和保养,而且应注意一些光学显微镜使用的基本常识。所有的玻璃和镜头表面都应进行清洁,因为盖玻片和物镜上的灰尘和油脂常常是图像质量不佳的主要原因。标本的封片也应注意,盖玻片的厚度应在物镜的工作距离以内。透镜和标本之间的折光率应正确匹配,如某些特定NA的物镜使用正确的镜油,对于特定的物镜使用适当厚度的盖玻片,尤其在高倍物镜时更应注意,盖玻片应在载玻片有一定程度的密封,并保持平整。对于固定的标本可用指甲油,但在进行图像采集前,应保持其干燥。对于活组织,可使用某些无毒性的密封剂,如凡士林,蜂蜡和羊毛脂效果都不错。