过度依赖膀胱镜检标準常会造成IC的不当诊断，尤其在膀胱过度症的病人，常出现IC诊断不当的现象。在膀胱过度症病患若对口服抗碱药物反应不好时，应考虑IC的可能性。很多 IC的病患获得诊断前，都曾被给予多次口服抗生素治疗，病人的尿液培养通常为阴性，因此当病人出现症状且有脓尿出现时，我们建议此时尿液培即使为为阴性，但病人有膀胱炎症状，且对抗生素无反应时，IC应列为鑑别诊断(15)。 在慢性非细菌性前列腺炎病人施行麻醉下膀胱镜检查时约有70％会出现符合IC的病变。此种发现让我们认为IC在男性常常会以慢性非细菌性前列腺炎或前列腺疼痛的型态出现。最近的分类，将第三型前列腺炎症状归为慢性骨盆腔症候群，显示两者可能为同一疾病。两者在症状表现相当类似，包括刺激性症状，疼痛（骨盆腔、膀胱、前列腺、生殖器），性功能失调，合併有精神忧郁及焦虑现象。在一开放性实验中，ELMIRON（某种治疗IC的药物），可减低男性骨盆腔疼痛症候群患者频尿、疼痛的严重度及改善生活品质（16），更可说明骨盆腔疼痛症候群和IC的关连性。